Фамилия Шакпутова — женская форма фамилии Шакпутов. Это редкая фамилия, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. Скорее всего, она тюркская или арабо-тюркская по корням, но с русским суффиксом, который «обрусел» её в конце.

Разберём основу «Шакпут». Она распадается на две части: «шак» и «пут». Первая часть, «шак», может восходить к тюркскому слову «шак» (или «чак») — «время», «пора», «эпоха». В некоторых тюркских языках «шак» также означает «удар» или «щепка». Вторая часть, «пут», скорее всего, искажённое арабское «бут» (или персидское «буд») — «идол», «кумир». В составе мусульманских имён «бут» встречается редко, чаще в старых доисламских или фольклорных именах.

Самая правдоподобная версия: Шакпут — это сложное имя-прозвище, образованное от слов «шак» (время) и «пут» (идол). В буквальном смысле — «идол времени» или «кумир эпохи». Такое имя могли дать ребёнку, родившемуся в знаменательный период, или человеку, который пользовался большим авторитетом, был «на виду». Менее вероятно, но возможно, что «пут» здесь — искажённое «пут» (тюрк. «нога»), и тогда «шакпут» означало бы «кривоногий» (от «шак» — щепка, кривой). Но эта версия слабее, так как в фамилиях редко закрепляются прозвища с таким откровенно физическим недостатком без дополнительных суффиксов.

Суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия оформлена по русской модели притяжательности: «чей?» — Шакпутов, то есть потомок человека по имени или прозвищу Шакпут. Встречается такая фамилия преимущественно в регионах с тюркским населением — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также у казахов и башкир, чьи предки перешли на русское делопроизводство.

По социальному происхождению носители фамилии Шакпутовы — скорее всего, крестьяне или мещане, так как дворянские роды с таким корнем не фиксируются. Фамилия не попала в списки древних дворянских родов, а значит, её носители — люди из простонародья, получившие фамилию при переписях XVIII–XIX веков. Сегодня это очень редкая фамилия: по открытым базам данных, в России её носят не более нескольких десятков человек.