Фамилия Шалалыгина — женская форма фамилии Шалалыгин, и её происхождение стоит искать не в очевидном корне, а в тюркских или диалектных пластах русского языка. Основа «шалалы» или «шалала» — это не просто случайный набор звуков. Вероятнее всего, она восходит к тюркскому слову «шала» (кривой, косой, неполноценный) или к его производным, которые в русских говорах могли означать человека с физическим недостатком, например, косоглазого или хромого. Вторая часть «-лы» в тюркских языках — это аффикс обладания, так что «шалалы» буквально переводится как «имеющий изъян», «кривой».

Менее распространённая, но тоже возможная версия связывает фамилию с диалектным русским словом «шалалай» или «шалала», которое в некоторых регионах (особенно на юге России и в Поволжье) означало болтуна, пустомелю или бестолкового человека. В таком случае фамилия образована по продуктивной модели: прозвище (Шалала) плюс типичный русский суффикс принадлежности -гин. Суффикс -гин в этой фамилии не случаен: он характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я (ср. Дорогин от Дорога, Балагин от Балага), и указывает на то, что прозвище предка звучало как Шалала или Шалаля.

С точки зрения географии, фамилия Шалалыгин (и её женская форма) — довольно редкая. Её очаги встречаются в Поволжье и на Урале, где исторически было сильное тюркское влияние и где русские фамилии часто вбирали в себя местные лексемы. Это косвенно подтверждает первую, тюркскую версию. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии чаще всего записаны как государственные крестьяне или мещане, то есть люди, чьи предки не принадлежали к дворянству и не имели «благородного» суффикса -ский.

Таким образом, Шалалыгина — это фамилия-прозвище, которое дали либо по внешнему признаку (кривизна, косоглазие), либо по черте характера (болтливость). Оба варианта укладываются в логику русской ономастики: фамилии из «недостатков» и особенностей давали повсеместно, и они не несли в себе оскорбительного смысла, а просто фиксировали отличительную примету человека.