Фамилия Шалгомова — редкий пример, где географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. Её основа — «шалгом» — напрямую отсылает к гидрониму Шалга, реке в бассейне Онеги на севере Архангельской области (современный Каргопольский район). В говорах Русского Севера «шалга» означала не просто реку, а реку с быстрым течением, перекатами; слово финно-угорского происхождения, родственное карельскому «šalgu» — «порог, быстрина». Человек, получивший прозвище Шалгом, вероятно, жил на этой реке или перебрался оттуда в другую местность, сохранив родовое имя по месту выхода.

Модель образования стандартна для северных и центральных областей: суффикс -ов- присоединился к основе «Шалгом», превратив прозвище в фамилию (Шалгомов → женская форма Шалгомова). Фонетический нюанс: в документах XVII–XVIII веков фамилия могла писаться через «о» — Шалгомов, но в живой речи на Севере ударение, скорее всего, падало на первый слог: Ша́лгомов. Сейчас встречается вариант с ударением на последний слог, что типично для фамилий, утративших связь с исходным топонимом.

Версия о тюркском происхождении (от «шал» — седой, старый и «гом» — якобы «человек») не выдерживает критики: в тюркских языках нет слова «гом» в таком значении, а суффикс -ов- у тюркских фамилий почти не встречается — там типичны -ов/-ев лишь после русификации. Финно-угорский след подтверждается и тем, что в Архангельской губернии фамилия фиксируется в метрических книгах XIX века именно у выходцев из Каргопольского уезда.

Сословно носители фамилии почти наверняка были государственными крестьянами или черносошными — типичное население Русского Севера, не знавшее крепостного права. Встречаемость фамилии остаётся низкой: по данным современных телефонных справочников, большинство Шалгомовых живут в Архангельской области и в Санкт-Петербурге, куда потомки северян мигрировали в XX веке.