Фамилия Шалхарова — женская форма фамилии Шалхаров, и её разумнее всего разбирать, исходя из мужского варианта. Основа здесь — «Шалхар», что сразу указывает на тюркское происхождение. В большинстве русских фамилий на -ов/-ев основа — это либо имя, либо прозвище, либо название профессии. В случае с Шалхаровым корень, скорее всего, восходит к тюркскому личному имени или прозвищу.

Самая вероятная версия: «Шалхар» — это вариант имени или прозвища, связанного с тюркским словом «шал» (седой, старый, мудрый) и «хар» (почтенный, уважаемый человек, иногда — «осёл» как символ упрямства или выносливости, но в составе имён чаще встречается в значении «человек»). В тюркской ономастике нередки составные имена вроде Шалкар, где «кар» означает «снег» или «сила», но для «Шалхар» более правдоподобно значение «седой старец» или «почтенный старик». Такое прозвище могли дать человеку, который рано поседел, или уважаемому аксакалу в роду.

Менее распространённая, но возможная гипотеза: связь с топонимом. В Казахстане есть озеро Шалкар, и название могло перейти в фамилию через прозвище человека, жившего у этого водоёма. Однако форма «Шалхар» встречается реже, чем «Шалкар», поэтому версия с личным именем выглядит убедительнее.

С точки зрения словообразования, фамилия Шалхаров — типичная для русской модели, где к тюркской основе добавляется патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Шалхара». Суффикс -ов здесь не исконно русский по происхождению основы, но по функции он стандартный. Встречаемость фамилии невысокая, она локализована в регионах с тюркским населением — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области и у казахов.

Таким образом, носители фамилии Шалхаровы — потомки человека, которого в тюркской среде называли Шалхаром, вероятно, за почтенный возраст или седину. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или казачья, если речь о южноуральских или поволжских землях.