Фамилия Шалкибаева — женская форма фамилии Шалкибаев, и её происхождение напрямую связано с тюркским миром, скорее всего, с казахской или другой центральноазиатской средой. Основа фамилии — мужское имя Шалкибай, которое состоит из двух частей: «шалки» и «бай».

Первая часть, «шалки», восходит к тюркскому корню «шал» или «шалке», означающему «седой», «старый», «почтенный». В казахском языке «шал» — это старик, аксакал. Вторая часть, «бай», в тюркских языках традиционно обозначает богатого, состоятельного человека, хозяина, господина. Таким образом, имя Шалкибай можно перевести как «почтенный богач» или «седой (мудрый) бай». Это типичная для казахской ономастики модель сложения двух значимых корней, где первая часть даёт характеристику, а вторая указывает на социальный статус.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или й. В данном случае от имени Шалкибай (где конечный звук «й») по правилам русской грамматики образована форма притяжательного прилагательного: «чей?» — Шалкибаев, то есть сын Шалкибая. Затем, при замужестве или по документам, появилась женская форма Шалкибаева.

Носительница этой фамилии, скорее всего, имеет казахские корни, хотя фамилия могла закрепиться и в других тюркоязычных группах (например, у каракалпаков или ногайцев). В дореволюционной России такие фамилии часто фиксировались у кочевого населения при переходе к оседлости и получении паспортов в XIX — начале XX века. Предки по мужской линии, носившие имя Шалкибай, были скорее всего людьми уважаемыми в своей общине — не обязательно богатыми в современном смысле, но обладающими авторитетом и опытом, что и отразилось в имени.

Интересно, что фамилия Шалкибаева встречается реже, чем, например, Шалгинбаева или Шалкаров, что делает её более локальной. Она не имеет славянских аналогов, и её звучание однозначно указывает на тюркское происхождение. Встречаются варианты написания с буквой «г» (Шалгибаева) из-за особенностей произношения в казахском языке, где «к» может озвончаться, но основная и документальная форма — через «к».