Фамилия Шалкунова — женская форма распространённой русской фамилии Шалкунов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шалкун, которое образовано от глагола «шалкать» — в северных и сибирских говорах это означало «болтать, пустословить, говорить вздор», а в рязанских и тамбовских — «шататься без дела, слоняться». Таким образом, Шалкуном в старину могли назвать либо пустомелю, болтуна, либо праздного гуляку.

Суффикс -ов в мужской форме указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ и мирских имён: «чей?» — Шалкунов, то есть сын или потомок Шалкуна. Женская форма Шалкунова сохраняет тот же корень и суффикс, лишь меняя окончание на -а.

Интересно, что в некоторых диалектах (например, в вологодских) слово «шалкун» имело иное значение — «тот, кто шелушит, очищает зерно». Это редкое, но возможное ответвление: фамилия могла закрепиться за человеком, занятым обдиркой круп. Однако первая версия — от болтуна или бездельника — встречается в ономастических работах чаще, в частности, в словаре русских фамилий Б. О. Унбегауна, где разбираются прозвища от глаголов со значением «болтать».

Фамилия не относится к числу дворянских или аристократических, её носители — выходцы из крестьянской или посадской среды, где прозвища давались по поведению или занятию. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, реже — на Урале. Вариант Шалкунов/Шалкунова фиксируется в переписях XVII–XVIII веков, но массовое распространение получил после отмены крепостного права, когда фамилии закреплялись за целыми семьями.