Фамилия Шалоников — довольно редкая и прозрачная по своему происхождению, хотя и не самая очевидная. Её основа — слово «шалон» или «шалона», которое в русских говорах имело конкретное бытовое значение. В отличие от множества фамилий, образованных от имён или профессий, эта, скорее всего, ведёт начало от прозвища, данного по внешнему виду или привычке.

Корень «шалон» в старом русском языке означал «шаль», «платок», а также «мешок», «котомка». В некоторых диалектах «шалона» — это небрежно одетый человек, неряха или тот, кто носит с собой большую сумку. Прозвище Шалон или Шалоник могли дать либо человеку, который постоянно носил с собой котомку (страннику, торговцу), либо тому, кто ходил в неопрятной, мешковатой одежде. Суффикс -ик в основе указывает на лицо: Шалоник — «тот, кто имеет отношение к шалону» или просто носитель прозвища.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Шалоник + -ов. То есть первоначально Шалоников — это «сын Шалоника». Суффикс -ов здесь самый распространённый, указывающий на принадлежность к роду. Встречаются и однокоренные фамилии: Шалонов, Шалонкин, Шалонин. Однако форма Шалоников отличается тем, что в ней сохранён уменьшительно-именной суффикс -ик, что делает её более «личной» и даже фамильярной — так могли звать человека в быту, в кругу своих.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектное слово «шалон» было в ходу. Встречается она в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, а также в Поволжье. В списках дворянства и купечества Шалониковых нет — это, скорее, крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по самым наглядным приметам.

Спорных версий у этой фамилии немного. Иногда её ошибочно связывают с французским городом Шалон-ан-Шампань или с тюркским «шал» (серый), но это натяжки: русская словообразовательная модель с суффиксом -ик нехарактерна для заимствований из западных языков, а тюркская основа не дала бы такого типичного русского окончания. Наиболее правдоподобное объяснение — бытовое прозвище, закрепившееся за родом.