Фамилия Шалпыков — редкий случай, когда основу можно разобрать почти буквально, но с оговоркой на диалект. В тюркских языках, прежде всего в казахском и киргизском, «шалпы» — это звукоподражательное слово, передающее плеск воды, хлюпанье или шлёпанье по жидкости. Отсюда и глагол «шалпылдау» — плескаться, хлопать по воде. Прозвище Шалпык могли дать человеку за манеру ходьбы (шаркающего, идущего вразвалку по грязи) или за привычку громко, «с хлюпом», пить или есть. В ряде говоров «шалпык» означало и неуклюжего, нерасторопного человека, что роднит эту фамилию с русскими прозвищами вроде Шлёпин или Хлюстов.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, типичную для народов, вошедших в состав Российской империи в XIX–XX веках. Шалпыков — это русифицированная форма тюркской фамилии Шалпык (без суффикса). Такое добавление -ов характерно для метрических записей и военных списков, где требовалось привести фамилию к стандарту «Имя Отчество Фамилия». Сама фамилия Шалпык в исходном виде встречается у казахов и киргизов, а форма на -ов закрепилась, скорее всего, у казахского населения, переселившегося на территорию современной России или имевшего тесные контакты с русской администрацией.

Географически фамилия Шалпыков привязана к южным регионам бывшего СССР: Казахстан (особенно Южно-Казахстанская и Кызылординская области), Киргизия и приграничные области России (Оренбуржье, Астраханская область). Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Шалпыков, то с высокой вероятностью ваши предки — казахи из Сырдарьинского региона или киргизы из Чуйской долины.

Словообразовательная модель здесь проста: звукоподражательная основа «шалпы» + тюркский аффикс -к (образует имя действия или признак) + русский патронимический суффикс -ов. Никакой связи со словом «шалопай» здесь нет — это случайное созвучие, так как «шалопай» пришло из греческого через немецкий язык и означает «бродяга». Версия с «шалым» (буйный, резкий) тоже маловероятна: для неё нет фонетического перехода.

В дореволюционных документах фамилия могла записываться через «ы» (Шалпыков) или через «и» (Шалпиков) — оба варианта отражают попытку передать тюркский твёрдый гласный звук. Встречается и написание с одной «п» — Шалыков, но это уже результат ошибки писаря, потерявшего геминацию.