Фамилия Шалцыгеров — редкая и нестандартная для русского слуха. Её происхождение почти наверняка связано с немецким или идишским корнем, а русский суффикс -ов указывает на то, что предок носителя фамилии жил в среде, где фамилии адаптировали под русскую модель: к основе на -ер просто добавили типичное окончание принадлежности. В основе лежит немецкая фамилия или прозвище Schalziger или Schalziger, которое, скорее всего, восходит к слову «Schalz» — диалектному варианту «Schal» (шаль, платок) или к имени собственному. Вторая часть — «-iger» — типичный немецкий суффикс, образующий фамилии от прозвищ или названий занятий (ср. Metzger — мясник, Bäcker — пекарь). Таким образом, Шалцыгер могло означать «тот, кто имеет дело с шалью» — торговец платками, ткач или красильщик. Другая версия, менее вероятная, но допустимая: основа от местечка Шальциг (Schalzig) в Восточной Пруссии или Силезии. Тогда фамилия указывала бы на выходца из этого селения. В любом случае, Шалцыгеров — фамилия, которая сформировалась в Российской империи у потомков немецких колонистов или еврейских ремесленников, получивших фамилию по профессии или месту. Её редкость объясняется тем, что исходная немецкая форма не была распространена, а русский вариант закрепился лишь в нескольких семьях.