Фамилия Шалункина женская, мужской вариант — Шалункин. В её основе лежит прозвище или мирское имя Шалунка. В русских говорах «шалун» — это не только озорник, проказник, но и, по данным словаря Даля, человек, который «шалит, дурит, балуется». Однако в некоторых регионах слово имело иной оттенок: так могли назвать подвижного, непоседливого ребёнка или, напротив, взрослого, склонного к несерьёзному поведению.

Суффикс -к- в основе Шалунка типичен для уменьшительно-ласкательных или обиходных форм имён и прозвищ. А суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Шалункин, то есть сын или дочь Шалунки. Такая модель образования (прозвище на -ка + -ин) была распространена в северных и центральных губерниях России, особенно в среде крестьян и мещан. Фамилия фиксируется в метрических книгах XIX века, например, в Вятской и Костромской губерниях, что подтверждает её севернорусский след.

Интересно, что фамилия Шалункина могла возникнуть не только от прямого прозвища, но и от неканонического имени Шалунка, которое давали в семье как оберег: считалось, что «плохое» имя отведёт злых духов от ребёнка. В этом случае предок был вовсе не озорником, а просто носителем охранительного имени. Однокоренные фамилии — Шалунов, Шалимов, Шалый — тоже встречаются, но Шалункина выделяется именно суффиксом, который делает фамилию более «домашней», указывающей на конкретного человека по прозвищу, а не на род занятий.