Фамилия Шалыпина образована от прозвища Шалыпа. Возможно, в его основе лежит киргизское слово «шалыпайа», которое переводится на русский язык как «рисовое поле, участок под рисовым полем». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шалыпа, со временем получил фамилию Шалыпина.