Фамилия Шамарухина — женская форма фамилии Шамарухин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Шамаруха. Чтобы понять его происхождение, нужно посмотреть на слово «шамара» или «шамарка». В русских говорах, особенно на Урале и в Сибири, так называли сварливую, бойкую женщину или сплетницу. Глагол «шамарить» имел значение «бранить, ругать, ссориться». Следовательно, Шамарухой могли прозвать человека с неуживчивым характером, любителя покричать или задиру.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин- указывает на принадлежность. Шамарухин буквально означает «сын Шамарухи», а Шамарухина — «дочь или жена Шамарухина». Такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей, где прозвища прилипали к человеку по поведению или внешности.

Интересно, что в некоторых диалектах слово «шамара» имело и другое значение — «оборванец, неряха». Так что версия про неопрятный внешний вид тоже возможна, хотя менее вероятна: фамилии с корнем «шамар-» чаще связывают именно со сварливостью. Есть и редкая гипотеза, что основа восходит к тюркскому «шамар» (удар, оплеуха), но для русской фамилии она выглядит натянутой — прозвища по действию редко застывали в такой форме.

Фамилия нечастая, но встречается в центральных областях России и на Урале. В дореволюционных переписях Шамарухины фигурируют как крестьяне, реже — мещане. В написании с буквой «е» (Шемерухин) могла закрепиться в южных регионах из-за аканья, но основной вариант именно с «а».