Фамилия Шамганова образована от мужского имени или прозвища Шамган. В основе лежит тюркское слово «шам» (свеча, светильник) с добавлением компонента «ган», который в тюркских языках часто указывает на происхождение или принадлежность. Таким образом, Шамган могло означать «светлый», «сияющий» или быть прозвищем человека, связанного с изготовлением или продажей свечей. Встречается также версия, что «шам» восходит к арабскому «шам» (Сирия, Дамаск), и в таком случае Шамган — человек, имеющий отношение к этим землям, либо выходец оттуда.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на русскую модель образования: Шамганов — сын Шамгана, а Шамганова — женская форма. Фамилия нечастая, её очаги бытования — регионы Поволжья и Приуралья, где исторически смешивались тюркские и славянские традиции именования. Встречается у татар, башкир, а также у русских, усвоивших тюркскую основу.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шамганов стоит в одном ряду с Шамовым, Шамсутдиновым, но отличается редким суффиксом -ган, который в русских фамилиях почти не встречается, что выдаёт тюркское происхождение. Среди носителей фамилии известна советская и российская актриса театра и кино, но в целом фамилия остаётся малораспространённой, поэтому точных сведений о сословной принадлежности предков нет — возможно, это были крестьяне или ремесленники, принявшие фамилию в XIX веке при переписях.