Фамилия Шамиунов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не прозвище, а, скорее всего, профессиональное или социальное положение предка. Разбор суффикса сразу отсекает популярные версии: окончание -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель («чей?» — Шамиунов), но корень «шамиун» не встречается в святцах и не является вариантом крестильного имени. Это заставляет искать объяснение в диалектной лексике или тюркских заимствованиях.

Самая вероятная версия связывает фамилию с арабским словом «шами» (شامي), означающим «сириец», «житель Сирии» или «выходец из Дамаска». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, это слово давало прозвища людям, имевшим отношение к торговле с арабским Востоком, или потомкам тех, кто переселился из тех краёв. Форма «Шамиун» могла возникнуть как русифицированное окончание прозвища «Шами» с добавлением тюркского суффикса принадлежности -ун (как в фамилиях Юнусов, Хайруллин). Таким образом, Шамиунов — это «сын того, кого звали Шамиун», то есть «потомок сирийца» или «потомок торговца с Востоком».

Менее убедительная, но допустимая гипотеза — связь с диалектным глаголом «шамить» (путать, сбивать с толку, делать невнятным), который фиксируется в северных говорах. В этом случае прозвище Шамиун мог получить человек неразборчивый в речи или хитрый, уклончивый. Однако слабая распространённость глагола и отсутствие фамилии в северных регионах делают эту версию маловероятной.

Социальный контекст фамилии — почти наверняка купеческий или мещанский. В XIX веке фамилии с тюркским корнем «шами» встречались среди торговых людей Поволжья и Приуралья, занимавшихся караванной торговлей с Хивой, Бухарой и через Кавказ. Шамиуновы могли быть мелкими купцами или приказчиками, специализировавшимися на восточных товарах — шелке, пряностях, коврах. Географически фамилия тяготеет к Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниям, что подтверждает её восточное происхождение.

В написании фамилии возможна вариативность: в дореволюционных метриках встречается как Шамиунов, так и Шамионов (с заменой «и» на «ё» или «о»). Современная орфография закрепилась с буквой «и» в корне, что отличает её от похожих фамилий вроде Шамиев, Шаминов, где корень иной. Ударение, судя по типичной модели, падает на второй слог: Шамиу́нов.