Фамилия Шамия — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Чтобы понять её, нужно отвлечься от привычной модели «отчество + суффикс» и посмотреть на неё как на застывшую форму, которая могла попасть в русский язык из другого культурного слоя.

Первое, что бросается в глаза: фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский). Окончание на -я характерно для украинских, белорусских, польских фамилий или для фамилий, образованных от прозвищ и имён напрямую, без патронимического суффикса. В русской традиции так могли фиксировать выходцев из западных земель или, реже, из тюркской среды, где имя или прозвище заканчивалось на -я.

Основа «Шами» скорее всего восходит к личному имени Шамиль. Это имя арабского происхождения (от «шамиль» — всеобъемлющий, всеохватывающий), широко распространённое у народов Кавказа и в тюркском мире. Известность ему принёс имам Шамиль, предводитель горцев в XIX веке. Фамилия Шамия могла возникнуть как русифицированная форма отчества от имени Шамиль: в среде, где не требовался суффикс -ов, носителя записывали просто как «Шамия» — то есть «сын (или человек) Шамиля». Такое упрощение встречалось у крещёных татар, башкир, а также у горских евреев, чьи фамилии нередко оканчиваются на -я.

Есть и другая версия, менее вероятная, но лингвистически возможная: фамилия могла произойти от прозвища, связанного с диалектным словом «шам» или «шамать» (есть, принимать пищу). В этом случае «Шамия» — человек, имеющий отношение к еде: обжора, повар или, наоборот, постник. Однако такая гипотеза слаба, так как корень «шам» в значении «еда» — локальный и редкий, а фамилия Шамия не зафиксирована в крестьянских переписях центральной России.

География фамилии тоже подсказывает ответ. Шамия встречается в основном на Северном Кавказе, в Закавказье и у народов, испытавших влияние ислама. Это подтверждает связь с именем Шамиль. Таким образом, предок носителя фамилии Шамия с высокой вероятностью был человеком по имени Шамиль, а сама фамилия — это краткая, без лишних суффиксов, запись его имени в качестве родового прозвища, которую закрепили в документах.