Фамилия Шамугия предположительно образована от мусульманского имени Шамук, которое является диалектным вариантом имени Шамсутдин. Это имя в переводе с арабского означает «солнце, светоч религии». Со временем в результате различных языковых процессов произошло озвончение звука «к» и фамилия приобрела свой настоящий фонетический облик.