Фамилия Шапхарова — женская форма, а мужская — Шапхаров. Её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками, что типично для фамилий, распространённых в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири. Основа «Шапхар» представляет собой сложное слово, которое можно разобрать на две части: «шап» и «хар». Первая часть восходит к тюркскому «шап» (или «чап») — «быстрый, скорый» или «славный, знаменитый». Вторая часть, «хар», в ряде тюркских наречий означает «ишак» или «осёл». Сочетание может показаться нелогичным, но в тюркской ономастике прозвища с «ослом» нередко давали не в уничижительном смысле, а как указание на упрямство, выносливость или трудолюбие — качества, которые ценились в кочевой среде. Таким образом, Шапхар — это «быстрый осёл» или «славный ишак», то есть прозвище человека, которого сравнивали с этим животным за работоспособность или скорость передвижения.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе прибавили суффикс -ов (в женском роде -а). Это указывает на то, что предок носителя фамилии носил прозвище Шапхар, а его дети записывались как «Шапхаровы», то есть «дети Шапхара». Суффикс -ов здесь самый распространённый в русских фамилиях, но важно, что он присоединился к нерусской основе, что выдаёт смешанное этническое происхождение — скорее всего, татарское, башкирское или казахское. Встречаемость фамилии невысока, она редкая, что говорит о локальном бытовании: носители фамилии Шапхаровы сосредоточены в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане.

Есть и другая, менее правдоподобная версия: связь с арабским именем Шафхар (встречается у народов Кавказа), где «шаф» означает «исцеление», а «хар» — «благородный». Но при таком заимствовании фамилия чаще писалась бы через «ф» — Шафхаров. Вариант с буквой «п» (Шапхаров) твёрже указывает на тюркскую, а не арабскую основу. Поэтому первая версия — прозвище от «быстрого осла» — и исторически, и лингвистически надёжнее.

Социально предки Шапхаровых, скорее всего, были крестьянами или казаками, поскольку фамилии на -ов у тюркских народов в XVI–XIX веках закреплялись в основном за податными сословиями, а не за знатью. Дворянские роды с такой основой не фиксируются. Фамилия не меняла форму и дошла до нас в том виде, в каком её записали при первой фиксации в метрических книгах.