Фамилия Шапхатова — редкая и территориально привязанная. Её основа, скорее всего, не связана с русским языком, а происходит из тюркских или кавказских наречий. Разбираем слово «Шапхат» (или «Шапхат»). В ряде тюркских языков, например в кумыкском или ногайском, «шапхат» (или «шапхат») — это имя, восходящее к арабскому «шафакат» (милость, сострадание, забота). Так могли назвать ребёнка, желая ему доброты или милосердия. Встречается также вариант, где «шапхат» — это прозвище человека, отличавшегося щедростью или мягким нравом.

Суффикс «-ова» — классический русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «дочь (или жена) Шапхата». То есть фамилия образована по русской модели от мужского личного имени Шапхат. Географически фамилия Шапхатова встречается в Дагестане и среди кумыкского населения, а также у ногайцев Ставрополья. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был мусульманином, принявшим русскую фамильную форму при документальном оформлении (чаще всего в XIX — начале XX века).

В отличие от более частых фамилий на «-ов», здесь интересна не морфология, а редкая основа. Шапхат не входит в число распространённых мусульманских имён, поэтому фамилия осталась локальной и малочисленной. Если искать однокоренные, то стоит обратить внимание на фамилию Шапхатов (мужской вариант) и Шапхатовы в целом. Никакого отношения к шапкам или шаповалам эта фамилия не имеет — несмотря на созвучие, корень здесь другой, иноязычный.

Таким образом, Шапхатова — это «дочь Шапхата», где Шапхат — личное имя с корнем «милость». Носители фамилии — потомки людей, скорее всего, из тюркоязычной среды Северного Кавказа, чья фамилия была русифицирована при записи в метрики или ревизские сказки.