Фамилия Шаплинкин — один из тех случаев, когда суффикс подсказывает больше, чем корень. Модель на -ин с наращением -к- (-ин + -к- + -ин) встречается реже стандартных -ов/-ев и -ин, и почти всегда указывает на прозвище, образованное от названия предмета или действия, а не от имени. В данном случае основа — «шаплинк», что сразу отсылает к слову «шапка» или его производным.

Самая прямая версия: прозвище Шаплинк (или Шаплинок) дали человеку, который носил заметную, необычную шапку — либо по ремеслу (шапочник), либо по привычке её не снимать. В русских говорах слово «шапля» или «шаплинка» могло означать не только головной убор, но и что-то болтающееся, мотающееся (от глагола «шапать» — хлопать, шлёпать). В таком случае прозвище могло относиться к неуклюжему, нерасторопному человеку, который «шапает» при ходьбе. Оба варианта правдоподобны, но первый (от шапки) встречается в ономастике чаще: фамилии Шапкин, Шапочкин, Шаповалов — массовые, и Шаплинкин — их редкий вариант с двойным суффиксом.

Двойной суффикс -к-ин (сначала -к-, потом -ин) — характерная черта фамилий из северных и центральных областей России, где прозвища часто «удлиняли», чтобы избежать совпадений. Шаплинковых могло быть несколько в одной деревне, и форма с -к- закреплялась за конкретной ветвью. Географически фамилия редкая: встречается в основном в Вологодской, Костромской и Кировской областях — зонах, где активно бытовали говоры с суффиксальным наращением.

В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется — скорее всего, она крестьянская, поздняя (XIX век), когда прозвища окончательно превращались в наследственные. Дворянских родов с такой фамилией нет. Споров вокруг корня немного: единственная альтернативная версия — от тюркского «шаплык» (баранья лопатка), но она слабая, так как суффикс -ин в таком случае не объясним, а география фамилии чисто русская.

Итог: Шаплинкин — «сын Шаплинка», то есть потомок человека, которого окрестили за шапку или походку. Фамилия редкая, с характерным северным «наращением», и её носители почти наверняка происходят из крестьянского сословия одной из трёх-четырёх губерний.