Фамилия Шапуханов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, географическое прозвище с тюркским корнем. Это одна из тех фамилий, где суффикс -ов указывает на русскую модель образования (отчество), а корень выдает восточное происхождение родоначальника.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «шапу» или «шабу» — в разных диалектах это означает «быстрый», «резвый», «проворный». В казахском и киргизском языках есть слово «шапқын» (набег, налет), а «шапқан» — «скачущий», «быстрый всадник». Таким образом, прозвище Шапухан мог получить человек стремительный, лихой, возможно, наездник или гонец. Суффикс -ан в тюркских именах часто образует усилительную форму или указывает на деятеля, так что Шапухан — это «тот, кто быстро скачет» или «резвый, как ветер».

Менее распространенная, но возможная версия — от арабского имени Шафи (целитель, заступник) с добавлением тюркского аффикса -хан (господин, владыка). В таком случае Шапухан — это народная переработка имени Шафихан, которое встречается у татар и башкир. Однако фонетический переход «фи» в «пу» менее типичен, чем прямая связь с тюркским глаголом движения.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также встречается у казахов. В русской среде она могла закрепиться через смешанные браки или при переходе в православие, когда тюркское прозвище оформлялось русским патронимическим суффиксом -ов. Судя по модели образования, фамилия не древняя — она могла сложиться не раньше XVIII–XIX веков, когда у нерусских народов начали массово фиксировать фамилии по русскому образцу.

Интересная деталь: фамилия Шапуханов имеет «двойника» — Шапухин, образованную от той же основы, но с другим суффиксом (-ин вместо -ов). Это характерно для регионов, где фамилии на -ин и -ов могли конкурировать даже в пределах одного села. Если Шапухановы концентрируются в южных и восточных районах бывшей Российской империи, то Шапухины чаще встречаются на севере, что подтверждает разную географию распространения одного корня.