Фамилия Шаракшинова — женская форма мужской фамилии Шаракшинов. В русской традиции такие фамилии на -ов/-ев образуются от прозвищ или имен, оканчивающихся на твердый согласный. В основе лежит корень «Шаракш-», который сразу заставляет искать его происхождение за пределами славянского мира.

Скорее всего, фамилия имеет бурятские или монгольские корни. В бурятском языке есть слово «шараха» — «жарить, палить», а также «шар» — «желтый». Однако более вероятна связь с именем или прозвищем Шаракша — так могли называть человека смуглого или рыжеватого цвета кожи («шара» — «желтый» в тюркско-монгольских языках). Суффикс -ин в мужской форме Шаракшин (от которого через -ов образован Шаракшинов) указывает на принадлежность: «сын Шаракши». То есть фамилия Шаракшинов — это «внук Шаракши» или «потомок Шаракшина».

Интересна модель образования: фамилия Шаракшинов использует двойной патронимический суффикс (-ин + -ов). Сначала от имени Шаракша образовали отчество Шаракшин («чей?» — сын Шаракши), а затем от этого отчества — фамилию Шаракшинов. Такая цепочка типична для фамилий, которые закрепились поздно, уже в XVIII–XIX веках, когда отчества на -ин начали оформлять в фамилии с помощью -ов.

Географически фамилия тяготеет к Восточной Сибири и Забайкалью — региону, где веками жили буряты и русские старообрядцы. Встречается она и среди бурят, и среди русских, что говорит о межэтнических контактах. В частности, известна Надежда Шаракшинова (1926–2006) — бурятский филолог, исследовательница фольклора, что подтверждает национальную привязку.

Таким образом, предок носителя фамилии Шаракшинов, скорее всего, жил в Прибайкалье или Забайкалье и носил прозвище Шаракша — либо по цвету волос или кожи, либо по роду занятий (например, связанному с жаркой руды или пищи). Фамилия — редкий пример сращения тюрко-монгольской основы и русской патронимической модели, что делает её интересным объектом для ономастики.