Фамилия Шарнецкий — яркий представитель «географического» типа фамилий, образованных с помощью суффикса -цк(ий). Эта модель указывает на связь с местностью: такую фамилию обычно получал человек, владевший поместьем или происходивший из населённого пункта с названием, оканчивающимся на -цы, -цк, -цко. В основе фамилии лежит топоним Шарнец или Шарница. Подобных названий в Польше, Беларуси и на западе Украины несколько: например, деревня Шарнец (Szarniec) или урочище Шарница. Владелец такого имения или выходец оттуда и становился Шарнецким.

Корень «шарн-» не имеет однозначного славянского толкования, что указывает на возможное заимствование. Скорее всего, он восходит к древнепрусскому или балтскому слову, родственному литовскому «šarnas» — «чешуя» или «шершавая кожа». В переносном смысле так могли назвать каменистую, неровную землю или место с колючим кустарником. Другая, менее вероятная версия — связь с немецким «scharf» (острый) или чешским «šarný» (блестящий, красивый), но для фамилии, уходящей корнями в восточноевропейскую шляхту, прусско-литовская этимология выглядит убедительнее.

С точки зрения социальной истории, Шарнецкие — типичная шляхетская фамилия. Суффикс -цкий в польской и западнорусской традиции указывал на дворянское происхождение, владение землёй. В Речи Посполитой такие фамилии носили мелкопоместные шляхтичи, чьи родовые гнёзда затерялись в лесах и на болотах Полесья или Подляшья. После разделов Польши часть Шарнецких оказалась в Российской империи, где фамилия сохранила польское написание (через «е», а не «а») и окончание -ий, свойственное для «польских» фамилий в русском обиходе.

Сейчас фамилия редкая, встречается в основном в западных областях Беларуси, на Волыни и в восточной Польше. В России Шарнецкие — почти всегда потомки тех, кто перебрался вглубь страны в XIX–XX веках. В отличие от массовых фамилий на -ов, Шарнецкий не потерял связь с исходным топонимом: если когда-нибудь отыщется деревня Шарнец, её название, возможно, и станет окончательным ключом к происхождению рода.