Фамилия Шаякбаева — женская форма фамилии Шаякбаев, и её разговор лучше начинать с мужского варианта. Это типичная тюркская фамилия, образованная по русской модели с суффиксом -ев, которая закрепилась за женщинами. Основа здесь — личное мужское имя Шаякбай, а значит, предок носителя фамилии звался именно так.

Имя Шаякбай составное, и его разбор даёт ключ к значению. Первая часть, «Шаяк», восходит к арабскому «шайх» или его тюркским адаптациям, означающим «старейшина», «почтенный», «глава рода». Вторая часть, «бай», — древний тюркский титул, обозначающий богатого, уважаемого человека, хозяина. Получается, что имя Шаякбай можно перевести как «почтенный господин» или «старейшина-богач». Имя давали с пожеланием, чтобы мальчик вырос уважаемым и состоятельным.

Географически фамилия Шаякбаева (и Шаякбаев) наиболее распространена в Казахстане и среди казахской диаспоры в сопредельных странах. Встречается она и у других тюркских народов, но корни её, скорее всего, казахские. Модель образования с суффиксом -ев указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде — при переписях населения или в официальных документах XIX–XX веков. Без этого суффикса имя Шаякбай так и осталось бы личным именем.

В отличие от многих русских фамилий, здесь нет прямого указания на профессию предка. Шаякбаев — не сын кузнеца или мельника, а потомок человека с почётным именем. Это роднит фамилию с целым пластом тюркских фамилий на -баев, -кулов, -беков, где основа — желаемое качество или социальный статус, а не ремесло. Споров о происхождении почти не возникает: арабская основа «шайх» и тюркский «бай» — факты хорошо известные.

Встречающиеся изредка варианты написания с «Шаяхбаева» или «Шаякбаева» через «х» — результат путаницы при передаче звуков тюркских языков кириллицей, но основной и правильный вариант — Шаякбаева.