Фамилия Шаякубова — женская форма фамилии Шаякубов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь сложная, двухкорневая, что сразу выделяет её на фоне более простых патронимических фамилий.

Первый корень — Шая. Это краткая, обиходная форма арабского имени Шахид (свидетель) или, что вероятнее, тюркская переделка имени Шах (царь, владыка, господин). Второй корень — Куб, который восходит к арабскому имени Якуб (библейский Иаков). Получается, что Шаякуб — это составное личное имя, образованное по модели «Шая + Якуб». Такие «сдвоенные» имена (например, Ходжиакбар, Нурмухамед) типичны для мусульманских народов Средней Азии: к одному имени добавляли другое, чтобы уточнить или усилить значение, а иногда и чтобы выделить человека среди тёзок.

Таким образом, фамилия Шаякубов буквально означает «потомок Шаякуба». Суффикс -ов, как и в русских фамилиях, указывает на принадлежность к роду. Однако в отличие от русских фамилий, где такой суффикс часто накладывался на прозвища или профессии, здесь он присоединился к готовому мусульманскому имени, которое уже было личным. То есть предок человека с этой фамилией звался Шаякубом.

География фамилии почти наверняка связана с Узбекистаном, Таджикистаном или Кыргызстаном — регионами, где распространены имена с корнем «шах» и имя Якуб в тюркском звучании. Русская морфема -ов в конце — это результат административного оформления фамилий в советское время, когда многим народам Средней Азии официально присваивали фамилии по русскому образцу. До этого, скорее всего, человек просто именовался как Шаякуб, а его дети были «Шаякубовы» (сыновья Шаякуба).

Интересная деталь: ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Шая́кубова, хотя в русском языке возможен перенос на последний слог по аналогии с фамилиями на -ов. В исходном тюркском или персидском произношении ударение было бы на первом слоге: Ша́якуб.

Кем могли быть предки? Скорее всего, обычными людьми, не знатными. Имя Шаякуб не было княжеским или религиозным титулом, а просто личным именем. Носитель этого имени мог быть ремесленником, торговцем, земледельцем. Сословной привязки у фамилии нет, это чистая патронимика.