Фамилия Шайденкова — женская форма, а её мужской вариант Шайденков. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Шайденок. Модель образования проста: к основе Шайденок прибавился суффикс -ов, дающий типичную русскую фамилию. Форма Шайденков, а не Шайденоков, указывает на то, что исходное слово уже имело окончание, которое при склонении ведёт себя как обычное существительное.

Корень фамилии — «шайд» — звучит не по-русски и почти наверняка имеет тюркское происхождение. В тюркских языках «шай» или «шайы» означает «дар», «подарок», «щедрость». Отсюда и личное имя Шай, которое давали ребёнку как пожелание счастливой и щедрой жизни. Уменьшительная форма Шайденок (с суффиксом -енок) характерна для южных и восточных регионов России, где тюркское влияние на антропонимию было особенно сильным. Встречаются и другие фамилии с этим корнем: Шайдуров, Шаймуратов, Шайхиев, но Шайденков выделяется именно редким уменьшительным суффиксом.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Шайка. В старину «шайкой» называли артель, ватагу, а также бродячую группу. От такого прозвища образовалась бы фамилия Шайкин, но суффикс -енок (Шайка → Шайчонок → Шайченков) мог дать похожий результат. Однако в этом случае основа должна была звучать как Шайченков, а не Шайденков. Поэтому версия с тюркским именем Шай выглядит убедительнее.

Географически фамилия Шайденков (и Шайденкова) тяготеет к югу европейской части России — Воронежская, Ростовская области, а также к Поволжью. В этих местах исторически жило много тюркоязычных народов (татары, башкиры), и русские фамилии нередко вбирали в себя их имена и прозвища. Носитель фамилии в прошлом мог быть потомком человека, которого звали Шай, то есть «Дар», или же происходить из семьи, где это имя уважали.

Сословная принадлежность предков Шайденковых, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилии на -ов/-ев и -ин в массе своей принадлежали непривилегированным слоям населения. Дворянские фамилии часто имели суффиксы -ский/-цкий или оканчивались на -ово/-аго. Шайденков — фамилия народная, живая, без привязки к высшим сословиям, что типично для имён, образованных от прозвищ и мирских имён.