Фамилия Шайкенова образована от казахского мужского имени Шайкен, которое восходит к двум основам: «шай» - «царский, царственный» и «кен» - «ископаемое, рудник, место, изобилующее чем-либо, богатство». Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, желали своему сыну стать богатым, обеспеченным человеком. К известным представителям данной фамилии относится Нагашбай Амангалеевич Шайкенов (1947—2000) — видный казахстанский учёный-юрист и политический деятель. Доктор юридических наук, профессор. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Шайкеновых можно лишь на основании генеалогических исследований.