Фамилия Шайхединов — одна из тех, что ясно указывает на происхождение от арабского или тюркского имени, но с русским суффиксом, который превратил её в фамилию. В основе лежит имя Шайхиддин (или Шайхеддин), которое состоит из двух арабских корней: «шайх» (старейшина, почтенный человек, духовный наставник) и «дин» (вера, религия). Вместе это имя означает «старейшина веры» или «наставник в религии». Такие имена были особенно распространены среди мусульманского духовенства и образованных людей в Средней Азии, Поволжье и на Кавказе.

Русский суффикс -ов присоединился к основе Шайхедин, что типично для фамилий, которые оформлялись по русской модели в XIX–XX веках, когда шёл учёт населения в Российской империи. Интересно, что в исходном имени есть два варианта произношения: через «и» (Шайхиддин) и через «е» (Шайхеддин). Второй вариант, вероятно, возник под влиянием тюркских языков, где гласные могли редуцироваться или меняться. Фамилия Шайхединов закрепила именно этот, «облегчённый» вариант.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где сильно влияние ислама и тюркских языков: Татарстан, Башкортостан, Узбекистан, Таджикистан. Встречается она и у кавказских народов, но реже. Если предки носителя фамилии жили, скажем, в Казанской или Уфимской губернии, то с большой вероятностью они были муллами, учителями медресе или просто людьми, получившими при рождении почётное имя в честь религиозного деятеля.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: личное имя → притяжательное прилагательное с суффиксом -ов → фамилия. Никаких редких суффиксов или спорных корней нет. Сравните с однокоренными фамилиями: Шайхиев (от Шайхи), Шайхутдинов (от Шайхутдин — «старейшина веры» с тюркским окончанием -ут), Шайхразиев (от Шайхрази — «старейшина тайны»). Шайхединов стоит в этом ряду как вариант с привычным для русского уха окончанием и чёткой привязкой к имени, а не к прозвищу.

По сословной принадлежности ничего определённого сказать нельзя: фамилию могли получить и потомственные муллы, и крестьяне, и торговцы. Но само имя-основа намекает, что в роду ценили религиозное образование и уважение старших.