Фамилия Шайхыстанова — редкий случай, когда основа имени не просто указывает на род занятий или личное качество, а содержит в себе целый социальный титул. В её основе лежит арабское слово «шайх» (или «шейх») — почётное звание для старейшины, главы рода, знатока ислама или духовного наставника. Форма «Шайхыстан» — это сложная конструкция, где к корню «шайх» добавлен аффикс «-стан», который в тюркских и иранских языках обозначает место, страну или совокупность. Буквально «Шайхыстан» можно понять как «место, где живут шейхи», «область шейхов» или «сообщество шейхов». Соответственно, Шайхыстанов — это человек из рода, имеющего отношение к этой среде.

Словообразовательная модель фамилии — русский суффикс принадлежности -ов, адаптированный к тюркской основе. Окончание -а указывает на женскую форму, то есть исходная мужская фамилия — Шайхыстанов. Такие фамилии типичны для народов Поволжья, Приуралья и Средней Азии, особенно для татар, башкир, казахов, где арабские заимствования через ислам глубоко вошли в антропонимию. Встречаются также варианты написания: Шайхистанов, Шайхыстанов, Шейхыстанов — разница в огласовке объясняется особенностями местных говоров и записи арабских слов кириллицей.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был связан с духовенством или местной знатью. В тюркской среде «шейх» часто означал не только религиозного деятеля, но и главу суфийского ордена, уважаемого старшину или судью, решавшего споры по шариату. Фамилия могла закрепиться за потомками человека, которого в округе называли «шайхыстан» — либо в насмешку (если он вёл себя как важная особа), либо с почтением (если он действительно объединял вокруг себя группу уважаемых людей). Второй вариант правдоподобнее, так как прозвища с компонентом «-стан» обычно давали не случайно.

С географической точки зрения фамилия Шайхыстанова не привязана к одной конкретной области, но чаще встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области и среди казахских родов. В документах XIX — начала XX века таких фамилий почти нет в списках крестьян-земледельцев центральной России, что косвенно подтверждает её происхождение из среды мусульманских народов, где фамилии начали оформляться позже, в основном после переписей конца XIX века. Интересно, что, в отличие от многих русских фамилий на -ов, здесь суффикс не указывает на отчество (чей-то сын), а прикреплён к коллективному прозвищу, что сближает её с топонимическими фамилиями вроде Казанцев или Уфимцев, но с религиозно-социальным оттенком.