Фамилия Шайкудинова — женская форма мужской фамилии Шайкудинов. Она принадлежит к числу фамилий, образованных от арабо-тюркских личных имён, что сразу указывает на регион её происхождения: скорее всего, Поволжье (Татарстан, Башкортостан) или Средняя Азия. Основа фамилии — сложное имя Шайкудин. В нём две части: «шай» и «кудин». Первая часть, «шай», — это диалектный или фонетический вариант арабского «шах» (царь, правитель) или же тюркского «шай» (камень, утес). Вторая часть, «кудин», восходит к арабскому слову «дін» (вера, религия). Таким образом, имя Шайкудин можно перевести как «царь веры» или «камень веры» — то есть человек, твёрдый в своей вере, либо духовный лидер.

Суффикс «-ов» (в женском варианте «-ова») указывает на типичную русскую модель образования фамилий: «чей?» — Шайкудинов, то есть потомок Шайкудина. В татарской и башкирской среде такие фамилии часто закреплялись в XIX веке, когда после введения всеобщей переписи населения мусульманам давали фамилии по отцу или деду. До этого у многих тюркских народов фамилий не было, а было только имя и отчество.

У фамилии Шайкудинова нет однозначной версии происхождения, которая бы считалась единственно верной. Ономастический словарь Б. Унбегауна, например, не рассматривает такие сложные арабо-тюркские конструкции в деталях, но общая модель «арабское имя + тюркский суффикс» хорошо описана в работах А. Суперанской. Вторая, менее популярная версия, связывает первую часть с тюркским «шай» в значении «камень, скала» — тогда имя означало бы «скала веры», метафора несокрушимости.

Если говорить о географии, то носительницы фамилии Шайкудинова встречаются преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически компактно проживают татары и башкиры. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о её локальном характере: скорее всего, все Шайкудиновы — потомки одного человека, жившего в XVIII-XIX веках. Социальный контекст: предки могли быть муллами, учителями или просто набожными крестьянами, получившими имя за твёрдость в вере.