Фамилия Шаймагсумов — редкий пример фамилии, образованной от сложного тюркского имени с религиозным оттенком. Её основа — мужское имя Шаймагсум, которое состоит из двух частей: «шай» и «магсум». Первая часть восходит к арабскому «шайх» (старейшина, почтенный человек, религиозный авторитет), в тюркских языках часто принимает форму «шай» или «шах». Вторая часть — «магсум» — тоже арабского происхождения, от «ма’сум» (безгрешный, непорочный, защищённый). В исламской традиции это один из эпитетов пророков и особо почитаемых святых. Таким образом, имя Шаймагсум можно перевести как «почтенный безгрешный» или «святой старейшина».

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: Шаймагсумов — буквально «сын (или потомок) Шаймагсума». Такие фамилии обычно получали крещёные татары, башкиры или представители других тюркских народов, переходившие в православие, но сохранявшие в основе имя из доисламской или мусульманской традиции. Встречается фамилия преимущественно в Татарстане, Башкортостане и прилегающих регионах Поволжья.

Поскольку имя Шаймагсум — составное и редкое, фамилия не получила широкого распространения. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её носители могли записываться как Шаймагсумовы, реже — с вариантом Шаймагсумович (в случае отчества). Встречаются и однокоренные фамилии — Шаймарданов, Шаймуратов, где первая часть «шай» повторяется, но вторая основа другая.

Интересная деталь: в некоторых говорах татарского языка «шай» могло также означать «подобный», «похожий» (от персидского «шай» — вещь, предмет), но в контексте антропонимии это значение маловероятно. Религиозная семантика имени Шаймагсум указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, происходил из семьи, где ценили исламское благочестие, а само имя давали в честь какого-либо почитаемого духовного лица.