Фамилия Шаймергенова — женская форма мужской фамилии Шаймергенов, типичный для тюркских народов патроним с русским суффиксом -ов. Основа фамилии — сложное имя Шаймерген, распространённое у казахов, башкир, татар и некоторых других тюркоязычных групп.

Имя Шаймерген состоит из двух корней. Первый — «шай» (от арабского «шах» или персидского «шай»), что может означать «господин», «владыка» или «достойный». Второй — «мерген» (тюркское слово, особенно частотное в казахском и башкирском языках). «Мерген» переводится как «меткий стрелок», «охотник», «снайпер» — слово, которым в степи называли искусного лучника. В переносном смысле «мерген» могло значить «ловкий», «удачливый» или «знающий».

Таким образом, Шаймерген — это составное личное имя со значением «господин-стрелок» или «достойный меткий охотник». В кочевой культуре, где охота кормила род и защищала скот, такое имя было пожеланием силы, меткости и удачи. Фамилия Шаймергенова буквально означает «принадлежащая роду Шаймергена» или «дочь/внучка Шаймергена».

Географически фамилия чаще всего встречается в Казахстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях России. Среди носителей фамилии много представителей казахских родов (например, найман, кыпшак, аргын), где имя Шаймерген было традиционным. Интересно, что в отличие от многих русских фамилий на -ов, которые закрепились как наследственные в XVI–XVII веках, эти фамилии у тюркских народов оформились значительно позже — в XIX — начале XX века, когда началась массовая фиксация фамилий в метрических книгах и при переписях. Поэтому прямой связи с конкретным историческим Шаймергеном у большинства современных носителей может не быть: фамилия передавалась по имени деда или прадеда, жившего в XIX столетии.