Фамилия Шайсанбеков — редкий пример тюркско-персидского именослова, адаптированного русской патронимической моделью. Её основа — составное имя Шайсанбек, которое распадается на две части: «шайсан» и «бек». Первая часть, «шайсан», скорее всего, восходит к тюркскому слову «шайсан» (или «шайсан»), означающему «красивый», «изящный» или «благородный». В тюркских языках это слово могло использоваться как личное прозвище или эпитет, подчёркивающий внешние или внутренние качества человека. Вторая часть, «бек», — широко распространённый тюркский титул, обозначающий князя, господина или предводителя. Таким образом, Шайсанбек буквально значит «красивый (или благородный) господин» или «бек, обладающий красотой».

Словообразовательная модель фамилии типична для русификации тюркских имён: к основе Шайсанбек добавлен русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность потомку человека с этим именем. Фамилия Шайсанбеков, следовательно, означает «сын (или потомок) Шайсанбека». Суффикс -ов здесь закрепился в ходе административного учёта, когда в XIX–XX веках многие народы Российской империи получали фамилии по отцу.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены тюркские языки и исламские имена: Казахстан, Кыргызстан, возможно, Башкортостан или Татарстан. В России она встречается редко, чаще у представителей тюркских народов, переехавших в центральные области. Интересно, что имя Шайсанбек не является общеупотребительным в классических арабских или персидских источниках — это скорее локальное тюркское образование, что указывает на возможную региональную специфику: например, в казахской или киргизской среде такие имена могли давать детям с пожеланием красоты и знатности.

Версия, что «шайсан» может быть искажением арабского «шайх» (старейшина) или «шайтан» (чёрт), маловероятна: первое не сочетается с «бек» по смыслу (два титула), второе — отрицательное прозвище, редко становившееся частью имени. Поэтому вариант с «красивым» остаётся наиболее правдоподобным.