Фамилия Щафигуллина — женская форма мужской фамилии Щафигуллин, и её разбор стоит начать с арабского корня, а не с привычных славянских суффиксов. Основа здесь — имя Щафигулла, которое восходит к арабскому «шафи» (شفيع — заступник, ходатай) и «Аллах» (Бог). Вместе это означает «заступник Аллаха» или «тот, кто просит заступничества у Бога». Такие имена с частицей «улла» широко распространены в тюркских и мусульманских культурах: Абдулла, Гимадутдин, Шарафутдин. Щафигулла — один из вариантов, где первая часть передаёт понятие «шафаат» (заступничество).

Модель образования фамилии типична для татарской и башкирской традиции: к личному имени добавляется русский патронимический суффикс -ин (по аналогии с русскими фамилиями типа Ильин, Пушкин). В XIX–XX веках, когда у тюркских народов начали массово оформляться фамилии, такие формы стали нормой. Щафигуллин — буквально «сын Щафигуллы», а Щафигуллина — его дочь или жена. Суффикс -ин здесь не указывает на принадлежность к роду в славянском смысле, а служит грамматическим маркером.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается она реже, чем, скажем, Шафигуллин или Шафиков, — написание с «Ща» вместо «Ша» может быть результатом диалектного произношения или ошибки при записи в паспортных столах. В татарском языке звук «щ» нехарактерен, поэтому оригинальная форма, скорее всего, звучала как Шафигуллин, а «Ща» — это русифицированная или канцелярская адаптация.

Род занятий предков, носивших такое имя, не связан с ремеслом или сословием — это чисто теофорное имя, дававшееся в честь религиозных понятий. Щафигулла мог быть муллой, учителем в медресе, простым крестьянином или купцом; имя не указывает на профессию, а отражает надежду родителей на божественное покровительство для ребёнка. В документах XIX века такие имена встречаются среди татар-мусульман, но фамилия в её современном виде закрепилась уже в советское время.

Если сравнивать с однокоренными: Шафиков — от тюркского «шафи» (заступник) без прибавления «Аллах», Шафигуллин — полный аналог с другим написанием, а Щафигуллин — редкий орфографический вариант. Носительница фамилии Щафигуллина, скорее всего, имеет татарские или башкирские корни, и её фамилия — это прямой перевод арабского имени на русский патронимический лад.