Фамилия Щафраненко — яркий пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. Этот суффикс, буквально означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках закрепился в украинской антропонимии как основной патронимический (по отцу) показатель. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность («чей?»), фамилии на -енко отвечали на вопрос «чей сын?». Поэтому Щафраненко — это «сын Щафрана».

Основа фамилии — прозвище Щафран. В русском и украинском языках слово «щафран» (или «шафран») обозначает пряность, получаемую из рылец крокуса. Прозвище могли дать человеку по нескольким причинам. Самая вероятная — по роду занятий: предок мог торговать шафраном, выращивать его или использовать как красильщик тканей — шафран давал стойкий жёлтый цвет. Менее распространённая, но возможная версия — прозвище по внешности: шафраном называли светловолосого или рыжеватого человека, либо того, кто носил одежду жёлтого цвета. В народной среде прозвища от названий пряностей и растений встречались, хотя и реже, чем от профессий или внешних черт.

Фамилия Щафраненко — сравнительно редкая. Её географическое распространение в первую очередь связано с левобережной Украиной (Полтавщина, Черниговщина, Сумщина), где суффикс -енко исторически доминировал. Встречается она и на юге России, куда в XIX–XX веках переселялись украинские крестьяне. Интересно, что написание с буквой «щ» вместо более привычного «ш» (Шафраненко) может указывать на диалектное произношение или на особенность записи в документах — в украинских говорах звук [ш] иногда смягчался до [ш’:] или [щ].

С точки зрения социального статуса, фамилии на -енко в XVII–XVIII веках были типичны для казачества и крестьянства, а не для шляхты или духовенства. Это значит, что предки Щафраненко, скорее всего, были вольными казаками или мещанами, а не дворянами. В официальных ревизских сказках и исповедных ведомостях эту фамилию можно встретить в сёлах Полтавской губернии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Щафраненко стоит в одном ряду с Шафрановым (русская форма на -ов) и Шафранским (польско-украинская на -ский). Но именно суффикс -енко недвусмысленно указывает на украинское происхождение и патронимический характер фамилии.