Фамилия Щахнабатов — редкая и сложная по составу, и её происхождение напрямую связано с мусульманскими (тюрко-персидскими) антропонимами и титулами. Основа фамилии — имя или прозвище Щахнабат, которое состоит из двух частей: «щах» (искажённое «шах», от персидского «царь, правитель») и «набат» (арабско-персидское «набат» — «сладость, сахар, леденец», а также распространённое восточное женское имя Набат). Таким образом, Щахнабат буквально означает «Царь (сладости)» или «Сладкий, как сахар, шах», что могло быть либо почётным прозвищем для уважаемого, богатого или гостеприимного человека, либо мужским именем-пожеланием (чтобы жизнь была сладкой, как у шаха).

Модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Кавказа: к основе на согласный добавляется стандартный патронимический суффикс -ов. Фамилия Щахнабатов означает «потомок (сын) Щахнабата». Начальная буква «Щ» вместо ожидаемой «Ш» — характерная черта русской адаптации восточных имён: звук «ш» в тюркских языках мягче, чем в русском, и при записи на слух его могли передать как «щ» (ср. фамилии Щербаков — от «шербак», Щапов — от «шапка»).

Географически фамилия привязана к регионам, где исторически жили тюрко-мусульманские народы, переходившие в православие: это Астраханская, Оренбургская, Уфимская губернии, а также Дагестан и Закавказье. Встречается она крайне редко, и её носители — почти наверняка потомки служилых людей, мулл или купцов, получивших фамилию при крещении или при переписях XIX века. Сравнение с однокоренными фамилиями (Шахнабатов, Шахназаров, Набатов) показывает, что корень «набат» в русских фамилиях встречается нечасто, что делает Щахнабатовых уникальными носителями «сладкого» титула.