Фамилия Щаронин — редкий случай, когда написание почти наверняка искажено при записи, и исходная форма была иной. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Щеронин или Щаронов, возникший из-за диалектного произношения или ошибки писаря. Основа здесь — прозвище Щероня или Щароня, которое восходит к прилагательному «щербатый» — рябой, со следами оспы, или к слову «щербина» (зазубрина, выбоина). В русских говорах «щерба» означала также ущерб, изъян, поэтому прозвище могло достаться человеку с заметным дефектом внешности или характера. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Щаронин — «сын Щарони» или «человек из рода Щарони».

Менее вероятна, но возможна связь с географическим названием. В некоторых областях фиксировались топонимы вроде Щаронь, Щароново, но они крайне редки и не имеют устоявшейся этимологии. Если фамилия происходит от названия места, то её носитель мог быть выходцем из такой местности, но подтвердить это архивными данными сложно — фамилия не встречается в массовых списках дворянства или купечества.

Интересно, что сочетание «ща» вместо привычного «ще» — яркая примета севернорусского или сибирского говора, где «е» после шипящих переходило в «а». Встретить Щаронина можно было в Архангельской, Вологодской губерниях или у старообрядцев Зауралья. Писарь, записывая фамилию на слух, мог закрепить этот вариант, и он стал родовым.

Таким образом, Щаронин — вероятно, потомок человека, которого в деревне звали Щероней (рябым, с изъяном), а фамилия закрепилась в форме, отражающей местное произношение. Это не дворянская и не священническая фамилия, а крестьянская или мещанская, возникшая в XVIII–XIX веках.