Фамилия Щаршуков звучит необычно, но её происхождение укладывается в типичную для русского севера и Сибири словообразовательную модель. В её основе лежит прозвище Щаршук, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «щар» или «щер». В русских говорах «щерой», «щербатый» называли человека со шрамом, с изъяном на лице или с рябинами от оспы. Суффикс -ук (-юк) в севернорусских и сибирских фамилиях часто указывает на принадлежность: Щаршук — «сын или человек Щарого», то есть рябого или шрамоватого. Фамилия закрепилась в форме Щаршуков, где -ов — стандартный патронимический суффикс, означающий «чей?» — из рода Щаршуков.

Более редкая версия связывает основу с глаголом «щарить» — в некоторых говорах так называли шарить, рыться, искать. Тогда Щаршуком могли прозвать суетливого, дотошного человека или того, кто постоянно что-то разыскивал. Однако эта гипотеза менее убедительна: глагол «щарить» встречается редко и не образует устойчивых прозвищ в ономастике, тогда как «щербатый» — частый источник фамилий (Щербаков, Щербинин, Щербань).

Фамилия Щаршуков — одна из тех, что почти не встречается за пределами определённых регионов. Наибольшая концентрация носителей исторически фиксируется в Архангельской области и на Урале, где диалектная лексика дольше сохранялась в быту. Это указывает на то, что предки Щаршуковых были, скорее всего, государственными крестьянами или поморскими жителями, а не дворянами: прозвищные фамилии на -ук, -юк редко попадали в родословные книги высшего сословия.

Интересно, что фамилия избежала типичного искажения: её не перепутали с Щершуковым или Шаршуковым, хотя в старых переписных книгах могли встречаться варианты написания через «о» — Щоршуков. Такое написание, если оно есть, выдает акающее произношение, свойственное северным говорам, где «щар» и «щор» звучали почти одинаково.