Фамилия Щебуняев образована от прозвища Щебуняй. По одной из версий, оно ведет свое начало от глагола «шебунять», значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет следующим образом: «ковырять, копаться», а также «кое-чем перебиваться». Вероятно, Щебуняем прозвали либо земледельца, либо того, кто занимался кропотливой работой, либо бедного человека. Согласно другой гипотезе, прозвище Щебуняй этимологически связано с нарицательным «шебуня» - так в вологодских говорах называли шубу, овечий тулуп. В таком случае прозвище Щебуняй, скорее всего, относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии. Вероятно и то, что именование Щебуняй восходит к нарицательному «щебетун», значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет как: «неуемный болтун, говорунья». В таком случае именование Щебуняй могло указывать на особенности характера его носителя. Так и прозвище Щебуняй закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Щебуняев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Щебуняй, со временем получил фамилию Щебуняев.