Фамилия Щердина звучит как отчество от прозвища Щерда. Основа — «щерба», в старом русском языке означавшая зазубрину, выбоину, ущерб, а также «похлёбка» (ср. современную «уху»). Прозвище Щерда могли дать человеку со щербатым, то есть с выбитым или кривым зубом, либо с дефектом речи — шепелявому, «щербатому» в произношении. Реже основой называют диалектное слово «щерда» в значении «мелкая рыба» или «сорная трава» — тогда прозвище носило бытовой, насмешливый характер, как это часто бывало в крестьянской среде.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Щердин, то есть сын Щерды. В русской антропонимии модель на -ин характерна для основ на -а/-я, так что фамилия образована по самому распространённому для таких случаев правилу. Первоначально Щердиными называли детей или потомков человека по прозвищу Щерда, а затем фамилия закрепилась за целым родом.

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Архангельской губерниях, где слово «щерба» и его производные сохранялись в говорах дольше. Встречаются и варианты написания: Щердян, Щердов, но Щердина — именно от прозвища на -а, а не от имени Щерд (которого в святцах нет).

В отличие от более частых Щербаковых и Щербининых, фамилия Щердина сохранила более архаичную форму основы. Если Щербаков — это «сын Щербака» (человека со щербиной), то Щердина напрямую отсылает к тому же корню, но через уменьшительное или пренебрежительное прозвище Щерда. Социально носители фамилии в большинстве своём — крестьяне и посадские люди; в дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована.

Есть и гипотеза, что Щердина могла произойти от топонима — названия речки или урочища Щерда, но таких географических объектов в известных источниках не обнаружено, поэтому основная версия остаётся прозвищной.