Фамилия Щикшанова — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает прозвищный. Основа здесь — топоним Щикшан. Так называется река, протекающая в Мордовии, в Зубово-Полянском районе, а также одноимённый посёлок при станции. Суффикс -ов- указывает на стандартную русскую модель образования фамилии от названия местности: Щикшанов — тот, кто родом из Щикшана. Женская форма Щикшанова, соответственно, закрепилась за дочерью или женой такого человека.

Разобрать слово «Щикшан» по русским корням затруднительно — в нём явно слышен субстрат финно-угорских языков. Мордовская (эрзянская или мокшанская) основа вполне вероятна, хотя точного перевода в доступных источниках нет. В ономастике такие фамилии называют «топонимическими»: они не описывают внешность или занятие предка, а просто привязывают его к месту жительства. В XIX — начале XX века, когда крестьянам массово присваивали фамилии, выходцы из небольших сёл и приречных поселений часто получали фамилию по названию своей малой родины.

У фамилии есть и альтернативная, менее правдоподобная версия: от прозвища Щикша, которое могло быть связано с диалектным словом «щикать» — издавать резкий звук, шипеть или подражать птице. Но в этом случае мы ожидали бы форму Щикшин (с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность), а не Щикшанов. Поэтому версия с рекой остаётся основной.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — Мордовия, соседние области Поволжья и, как следствие миграций, Москва. Носители фамилии Щикшанова — это, скорее всего, потомки жителей того самого посёлка при станции или крестьян из окрестных селений, чья история напрямую связана с течением реки Щикшан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это типичная крестьянская географическая фамилия, которая сохранила в себе название забытого уголка на карте России.