Фамилия Щишков — одна из тех, где за простым звучанием скрывается несколько возможных историй. Разбирать её стоит не с корня, а с суффикса: -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель — «чей?» — «сын Щишка». Значит, в основе лежало личное или дворовое прозвище Щишок. А вот откуда взялось это прозвище — тут начинаются варианты.

Самая прямая версия — от слова «щиш» или «щишок». В северных и сибирских говорах так называли мелкого воришку, плута, человека, который промышляет тайком. В «Толковом словаре» Даля «щиш» — это именно «вор, мошенник, плут». Прозвище могли дать не только за реальные проступки, но и за хитрость, изворотливость, умение выкрутиться. В этом случае фамилия Щишков — ровесница таким «неблагозвучным» фамилиям, как Плутов или Воровкин, которые в старину не несли того позорного оттенка, что сегодня.

Вторая версия — звуковая. В некоторых диалектах «щишок» могло быть искажением от «чиж» (птица) или от «шиш» (шип, колючка). Но это менее вероятно: для фамилий на -ов обычно брали более устойчивую форму прозвища, а не случайное искажение. Более правдоподобно, что Щишков — это вариант фамилии Щипачёв или Щипунов, где основа «щип-» перешла в «щиш-» через чередование согласных, но и здесь нет твёрдых доказательств.

Интересно, что фамилия Щишков встречается редко, но с чёткой географией: её чаще фиксируют в документах XVIII–XIX веков по Вологодской, Архангельской и Пермской губерниям — как раз там, где бытовали северные говоры со словом «щиш». Это косвенно подтверждает первую версию. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми, но не дворянами: в родословные книги эта фамилия не попала.

Если коротко: Щишков — фамилия от прозвища, которое, скорее всего, дали человеку с хитрецой или нечистым на руку, но в рамках старой русской традиции, где такие прозвища были обычным делом и не считались оскорблением.