Фамилия Щубникова — женская форма мужской фамилии Щубников. В её основе лежит прозвище или профессиональное название Щубник. В русских говорах так называли скорняка, мастера по выделке шкур и шитью шуб. Слово «шуба» в значении «верхняя меховая одежда» известно с древнерусских времён, а суффикс -ник указывал на человека по роду занятий: шубник — тот, кто шьёт шубы. Таким образом, родоначальник Щубниковых с высокой вероятностью был ремесленником-скорняком.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики: к основе на -ник прибавили патронимический суффикс -ов (Щубников), а затем для женщин — окончание -а. В отличие от более частотной фамилии Шубников, написание через «щ» встречается реже и может отражать диалектные особенности произношения: в некоторых регионах (например, в северных и центральных говорах) звук «ш» перед гласными мог смягчаться до «щ», или же это влияние украинского языка, где «щ» читается как твёрдое «шч». В письменных источниках XVIII–XIX веков встречаются варианты Щубников и Шубников, причём первый постепенно закрепился за отдельными родами.

С географией фамилии сложно: Щубниковы — не массовая фамилия. По данным современных справочников, наибольшая концентрация носителей в Русском Севере (Архангельская, Вологодская области) и в Поволжье. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от ремесла: в этих регионах скорняжный промысел был развит из-за обилия пушнины. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — скорее всего, предки Щубниковых относились к ремесленникам или крестьянам, получившим фамилию по прозвищу отца.

Словообразовательный разбор прост: корень «шуб-/щуб-», суффикс «-ник», фамильный суффикс «-ов». Интересно, что фамилия сохранила архаичное написание с «щ», которое в современном языке чаще заменяется на «ш» (ср. Шубников). Это делает Щубникову не просто «родственницей» Шубникова, а самостоятельным вариантом, который может указывать на конкретную локальную традицию или даже на ошибку писаря, которая со временем стала нормой для одной семьи.