Фамилия Щубуняевы — редкая и по звучанию, и по модели образования. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу Щубун, а оно, в свою очередь, к слову «шуба». Но не торопитесь представлять предка скорняком или торговцем мехами. В русских говорах слово «шуба» имело и переносные значения: так могли назвать человека медлительного, неповоротливого, «закутанного» в собственную вялость, или, наоборот, того, кто любил одеваться тепло и основательно, не по погоде. Суффикс -ун- в прозвищах (как в «ворчун», «молчун») указывает на носителя устойчивого признака или действия. Таким образом, Щубун — это человек, которого окружающие характеризовали через связь с шубой: либо по роду занятий, либо по манере поведения или внешнему виду.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. Окончание -евы указывает на принадлежность к роду (чей? — Щубуняев), но перед ним стоит суффикс -я-. Это может быть патронимический (отцовский) суффикс, который присоединили к основе Щубун, чтобы образовать имя Щубуня — уменьшительно-ласкательную или обиходную форму прозвища. То есть Щубуня — это, вероятно, сын Щубуна, а Щубуняевы — уже его потомки. В русской ономастике такая двухступенчатая модель (прозвище → личное обиходное имя → фамилия) встречается, но редко, что делает Щубуняевых любопытным примером народного словообразования.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где фамилии на -ев и -ов с прозвищной основой особенно распространены. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, её носили крестьяне или мещане. Сословная принадлежность предков остаётся загадкой, но само прозвище Щубун могло возникнуть в среде, где шуба была предметом повседневным и заметным: в деревне, на постоялом дворе или на ярмарке.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шубин, Щубин (через «щ» — диалектное произношение), Шубаев, Шубников. Щубуняевы стоят особняком из-за редкого суффикса -ун- и последующего -я-. Если Шубины — от имени или прозвища Шуба (без дополнительного суффикса), то Щубуняевы явно прошли более сложный путь: от прозвища через обиходное имя к фамилии. Это указывает на то, что родоначальник был человеком заметным, получившим стойкое прозвище, которое затем закрепилось за его детьми в уменьшительной форме.

Сегодня фамилия встречается крайне редко, в основном в центральной России. Носители, если захотят узнать больше, могут обратиться к метрическим книгам по месту предполагаемого выхода предков — например, в архивы Владимирской, Костромской или Нижегородской губерний. Там, возможно, отыщутся первые Щубуни и Щубуня.