Фамилия Щухардина — женская форма, а мужская — Щухардин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Щухарда. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Щухардин, то есть сын или потомок Щухарды. Такая модель типична для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я.

Корень «щух-» в русских говорах имеет несколько значений. В северных и сибирских диалектах «щуха» или «щухарить» — это действовать тайком, хитрить, обманывать, а также рыться, искать. Отсюда «щухарь» — пройдоха, хитрец, а иногда и тот, кто любит шарить, воровато обыскивать. В вятских и пермских говорах «щухарда» могло быть экспрессивным прозвищем для человека суетливого, непоседливого или нечистого на руку. Вторая часть «-арда» — редкий для русской ономастики суффикс, скорее всего, усиливающий пренебрежительный или шутливый оттенок (сравните с «шкварда», «харда» в диалектах).

Географически фамилия Щухардин редкая. Основные очаги — Поволжье и Урал, особенно бывшая Вятская губерния (современные Кировская область, Удмуртия). Там диалектная лексика с корнем «щух-» наиболее активна. Встречаются также варианты написания: Щухардов (с суффиксом -ов, если основа на твёрдый согласный), но форма на -ин встречается чаще, так как исходное слово оканчивалось на -а.

Сословно предки Щухардиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ин у непривилегированных сословий фиксируются с XVI–XVII веков, но массово закрепились после отмены крепостного права. Прозвище Щухарда мог получить либо хитрый и изворотливый человек, либо, наоборот, тот, кто постоянно что-то ищет, копается — например, знахарь, собиратель трав или охотник за кладами.

Однокоренные фамилии — Щухин, Щухарев, Щухордин. Последняя особенно близка по звучанию и могла возникнуть параллельно в тех же говорах. Встречается и фамилия Щухардин в написании через «о» — Щухордин, что отражает акающее произношение в некоторых регионах.