Фамилия Шебохоев — редкая и географически привязанная к Восточной Сибири. Её основа, скорее всего, восходит к бурятскому или монгольскому личному имени Шэбхэ (Шэбхэй), что означает «ловкий», «проворный», «увёртливый». В тюркских и монгольских языках такие прозвища давали человеку за быстроту реакции или особую сноровку в деле — охоте, верховой езде, ремесле.

Модель образования типична для русифицированных фамилий народов Сибири: к бурятской основе прибавили русский патронимический суффикс -оев. Этот суффикс — региональный вариант более привычного -ов, он характерен для фамилий, записанных у бурят, калмыков и народов Саяно-Алтая. Таким образом, Шебохоев буквально означает «сын Шебохо» (где Шебохо — адаптированная на русский лад форма имени Шэбхэ).

Встречается фамилия преимущественно в Иркутской области, Бурятии и Забайкальском крае. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века носители этой фамилии, как правило, числились бурятами-скотоводами или казаками, приписанными к пограничным станицам. Написание могло колебаться: в старых документах можно найти варианты Шебохоев, Шибохоев, Шебоголов (последнее — результат народной этимологии, когда непонятное слово переосмыслили как «шеба голову»).

С точки зрения ономастики, фамилия интересна тем, что сохранила архаичную форму имени, почти не встречающуюся в современном бурятском именослове. Если ваш предок носил эту фамилию, он, вероятно, происходил из прибайкальских бурятских родов, и его прозвище подчёркивало личное качество — сноровку и быстроту, ценившиеся в кочевом быту.