Фамилия Шебяковский — редкий пример, когда корень почти наверняка указывает на конкретное место, но само это место почти исчезло из памяти. Основа здесь не имя, не ремесло и не прозвище по характеру, а топоним. Суффикс -ский в польской и западнорусской традиции — классический признак дворянской или шляхетской фамилии, образованной от названия имения, села или усадьбы. Носитель такой фамилии — «тот, кто из Шебякова» или «владелец Шебякова».

Корень Шебяк- (или Шебак-) с большой вероятностью восходит к древнерусскому или диалектному слову шебяка — так в некоторых говорах называли шершавый, колючий предмет, репейник, а иногда и задиристого человека. В ономастике известна фамилия Шебякин, а также старые прозвища Шебяка, Шебак. Если принять эту версию, то название деревни Шебяково (а она действительно существовала, например, в бывшей Витебской губернии) означало «место, где растет колючка» или «поселение человека по прозвищу Шебяка».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем шеб- (быстрый, резвый) или с литовским šebėti (чесать, скрести). Но для фамилии на -ский, которая чаще всего закрепляла географическую принадлежность, топонимическая версия выглядит убедительнее всего. Исторически Шебяковские — это, скорее всего, мелкопоместная шляхта или однодворцы, владевшие хутором или деревенькой на территории современной Беларуси или Смоленщины. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, что только подтверждает её происхождение от небольшого, ныне, возможно, исчезнувшего поселения.