Фамилия Шеена — редкий случай, когда географический и фонетический анализ даёт более надёжный ответ, чем прямое толкование. На первый взгляд, основа «шеен-» напрашивается на связь со словом «шея»: прозвище Шея, Шееня могли дать человеку с длинной или короткой шеей, либо тому, кто носил характерный воротник. Однако в русской ономастике фамилии с таким окончанием чаще указывают на иноязычное происхождение.

Суффикс «-ен» не характерен для русской модели образования фамилий от прозвищ. В русском языке типичны суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский. Окончание «-ена» встречается в фамилиях, пришедших из украинского, белорусского или польского языков, где суффикс «-енко» или «-еня» указывал на потомка по отцу (например, Шевченко — сын Шевца). Шеена могла возникнуть как русифицированная форма украинской фамилии Шеенко или белорусской Шэеня. В таком случае основа «ше-» восходит не к части тела, а к диалектному «шей» — слуга, работник, либо к глаголу «шить» (швец, портной). То есть предок носителя фамилии мог быть портным или подёнщиком.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — топонимическая. В Польше и Западной Беларуси есть несколько мелких поселений с корнем «Шеен-» (например, Шеены в Подляском воеводстве). Фамилия могла закрепиться за выходцем из такой деревни. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия Шеена встречается в основном в западных областях России (Смоленская, Брянская) и в Беларуси, а не в центральных или северных регионах.

Словообразовательная модель проста: от прозвища или имени Шеен (уменьшительное от Шестопал, Шестак или от личного имени Шеш, встречавшегося в древненовгородских берестяных грамотах) с помощью суффикса принадлежности «-а» (женский род) или как застывшая форма родительного падежа множественного числа. В любом случае, фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская — в ревизских сказках XIX века Шеены числятся среди государственных крестьян и однодворцев юго-западных губерний.

Спорных гипотез здесь немного. Версия о связи с «шеей» — самая очевидная для неспециалиста, но лингвистически слабая: фамилии на «-ея» в русском языке почти всегда имеют иноязычный корень (например, Кошеев — от кош, а не от кошея). Поэтому наиболее правдоподобно считать Шеену восточнославянской фамилией, указывающей на профессию портного или на происхождение из конкретной местности.