Фамилия Шефединов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не прозвище, а чужой титул. Слово «шеф» пришло в русский язык из французского (chef — «глава, начальник») и в XVIII–XIX веках активно использовалось в военной среде. Шефом называли командира полка, часто из высшего дворянства, который мог не командовать им в бою, но числился покровителем части. Фамилию Шефединов, скорее всего, получил не сам начальник, а его подчинённый — например, крепостной или дворовый человек, отпущенный на волю и записанный по имени бывшего господина. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — шефединов, то есть «сын (или человек) шефа».

Модель образования нестандартна. Обычно от титулов образовывали фамилии через суффикс -ский: Шефский, Шефской. Здесь же мы видим цепочку «шеф + Едя (?) + нов». Вероятно, промежуточным звеном было прозвище Шефедя — так в народе могли называть слугу при шефе, камердинера или денщика. Уменьшительно-пренебрежительный суффикс -едя (как в словах «дядя», «дядька», но в ином ключе) встречается в русской антропонимии крайне редко, что делает фамилию уникальной по структуре. Второй вариант — искажение при записи: в документах могли зафиксировать Шефединов вместо Шефидинова, от отчества Шефидин, но это маловероятно, так как арабское имя Шефи (шафи — «целитель») не даёт объяснения суффиксу -ед.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — в этих регионах в XIX веке было много помещиков, державших французских гувернёров и офицеров-иностранцев, откуда и пошла мода на «шефов». Встречаются единичные записи в архивах Воронежской и Саратовской губерний, что косвенно подтверждает версию о дворовом происхождении. Сословно носители фамилии почти наверняка были крестьянами или мещанами, а не дворянами: сами «шефы» своих фамилий так не образовывали.

Если сравнивать с однокоренными, то Шефединов стоит особняком. Фамилии Шефов, Шефин, Шефский встречаются чаще и понятнее по смыслу. А вот Шефединов — как раз тот случай, когда редкая морфология выдаёт сложную социальную историю: за фамилией стоит не просто начальник, а конкретный быт — слуга при полковом командире, чью должность переделали в прозвище, а прозвище — в наследственную фамилию.