Фамилия Шефкунова — женская форма, мужской вариант — Шефкунов. В основе фамилии почти наверняка лежит прозвище Шефкун, а не имя или географическое название. Слово «шефкун» отсутствует в современных словарях, но его можно реконструировать через словообразовательную модель. Суффикс -ун в русских прозвищах указывал на человека, склонного к какому-то действию или состоянию: говорун, ворчун, молчун, бегун. Соответственно, Шефкун — тот, кто «шефкает».

Глагол «шефкать» или «шевкать» в диалектах означал «шепелявить», «сюсюкать», а также «говорить невнятно, быстро». В псковских и тверских говорах «шефкать» — «шушукаться, шептаться». Таким образом, прозвище Шефкун могли дать человеку с невнятной речью, шепелявому, либо тому, кто постоянно шептался или сплетничал.

Версия о связи с тюркским словом «шеф» (начальник, руководитель) маловероятна: суффикс -ун в тюркских языках нехарактерен для русских фамилий, а прозвищ по должности с таким суффиксом в русской ономастике не зафиксировано. Скорее всего, перед нами чисто славянское, диалектное прозвище по особенности речи или поведения.

Фамилия редкая. Её география не прослеживается по массовым данным, но встречается в Поволжье и на юге России — в зоне, где были сильны говоры с «шефканьем». По сословной принадлежности предки Шефкуновых, вероятно, были крестьянами или мещанами: прозвища по речевым недостаткам редко давали дворянам или духовенству.

При переходе в фамилию прозвище Шефкун получило стандартный русский суффикс принадлежности -ов, образовав Шефкунов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шефку́нов.