Фамилия Шефлян — довольно редкая, и её происхождение стоит искать не в русском, а в еврейском именослове. Это один из тех случаев, когда фамилия не переосмысливалась на славянской почве, а пришла в готовом виде из идиша или немецкого языка, который был распространён среди еврейского населения Восточной Европы.

Основа фамилии — мужское личное имя Шефл (Shefl). Это производная форма от имени Шефтель (Sheftel), которое, в свою очередь, является уменьшительно-ласкательным вариантом библейского имени Шефтия (Шефатия). В переводе с иврита Шефатия означает «Господь судил» или «судья Божий». Таким образом, фамилия Шефлян — это патроним (фамилия по отцу), буквально означающая «потомок Шефла» или «принадлежащий Шефлу».

Суффикс -ан (или -ян) в этой фамилии — классический ашкеназский суффикс, характерный для фамилий, образованных на востоке Европы (в Польше, Украине, Беларуси). Он выполняет ту же роль, что и славянские -ов/-ев или -ин: указывает на принадлежность к роду. Сравните: Абрам — Абрамян, Берл — Берлян. Встречаются варианты написания: Шефлян, Шефлан, а также с буквой «а» в конце — Шефляна (по модели женских фамилий в литовском ареале).

Географически фамилия Шефлян тяготеет к территории бывшей черты оседлости. Наибольшее число носителей в дореволюционных записях встречается в Подольской губернии (район современной Винницкой области Украины) и в Бессарабии (Молдова). Это подтверждает, что фамилия сформировалась в среде еврейского местечка, где имена на идише были повседневными, а фамилии фиксировались по отцу или прозвищу.

В отличие от многих русских фамилий, которые могут быть образованы от прозвища по профессии или внешности, Шефлян — чисто именная фамилия. Её носители, скорее всего, не были связаны с каким-то одним ремеслом. Фамилия просто фиксировала родство: человека называли по его отцу или деду Шефлу. Это типичный случай, когда фамилия не рассказывает о занятии предка, а указывает на его имя в бытовом, домашнем обиходе.